Bahasa Madura memiliki beberapa ciri atau keunikan tertentu yang tidak ada pada bahasa-bahasa daerah lainnya termasuk bahasa Indonesia sendiri. Sungguh sangat disayangkan sebagian ahli bahasa Madura maupun orang Madura sendiri tidak pernah mempermasalahkannya. Salah satu keunikannya adanya fonem-fonem Madura yang beraspirat atau pengucapan dengan dihembuskan seperti : bh, dh, gh, dan jh. Dalam hal ini mengapa keunikan bahasa Madura ini justru dihilangkan dalam Ejaan Bahasa Madura yang Disempurnakan? Padahal fonem-fonem ini bisa dijadikan sebagai pembeda makna.
Sebagai suatu bahasa, bahasa Madura mempunyai cirri-ciri khas baik dalam bidang fonologi (bunyi bahasa), morfologi (bentuk), maupun sintaksisnya (tata/susunan kata atau kalimat).
Keunikan bahasa Madura anatara lain :
1.-Tidak mengenal kata ganti orang ketiga;
2.-Mempunyai fonem-fonem beraspirat dan tanaspirat
Tanaspirat : baba (=bawah) Aspirat : bhabang (=bawang) atau bedhe, beddhe, beddhek beddeh.
Fonem beraspirat disebut konsonan berra’ antep., sedangkan yang tanaspirat disebut berra’ alos atau ambar gherrungan.
Hanya pada bahasa Madura saja yang mempunyai fonem beraspirat.
3.-Mempunyai fungsi morfem “Tang” atau “Sang”
Bahasa Madura “asli” yang belum terpengaruh bahasa lain, sebagai penanda milik (possessive pronoun) orang pertama dalam tingkat bahasa umum “enja’-iya” , dipakai istilah “tang” atau “sang”.
Contoh: tang buku (=buku saya) bukan : bukuna sengko’.
4.- Mempunyai fungsi morfem (--a).
Untuk menyatakan kata kerja bentuk future “akan”, menggunakan sufiks (--a)
Contoh: Sengko’ abinea (=saya akan beristri); Sengko’ burua/rembi’eh (=saya akan lari)
5.-Mempunyai fungsi prefiks (e--).
Kalimat pasif bahasa Madura mudah diketahui dengan dipakainya prefiks (e-) pada kata kerjanya, baik pelakunya orang pertama, kedua atupun ketiga.
Contoh: Areya se ekaterroe bi’ sengko’ (= Ini yang diinginkan saya).
Keunikan bahasa madura selain dari hal tersebut di atas ada beberapa penempatan kata untuk diri sendiri dan orang kedua yg berbeda dengan bahasa daerah lain
Contoh untuk diri sendiri: nekah de’nah kauleh bukan “nekah kaanggunganna kaule” (=ini milik saya)
Contoh untuk orang kedua: nekah kaangungannah sampean (=ini milik sampean)
Mungkin kesulitannya ada beberapa kata/kalimat bahasa madura di antara daerah satu dengan yg lainnya tidak sama,
Contoh: debhe, belleng, lece’, carpa’, lanyap, ngobhus, padahal artinya sama (=bohong)
Berbicara tentang ejaan bahasa Madura, berbagai tanggapan muncul dikalangan ahli bahasa Madura ataupun dari sekelompok orang yang hanya bisa memaksakan kehendaknya sedang pengetahuan tentang bahasa Maduranya miskin sekali.Quo vadis, ejaan Madura? Ada yang berpendapat kalau kita memakai tambahan symbol bunyi, seperti titik bawah, huruf a bersinkop dan aksen miring ke kiri, tambahan huruf h, dll, itu berarti tidak hemat. Namun menurut pendapat beberapa pakar bahasa Madura, ejaan hasil sarasehan 1976 , yang menghasilkan suatu ejaan yang dinamakan "Ejaan Bahasa Madura Yang Disempurnakan",tidak mewakili lidah Madura. Sampai sekarang ejaan ini dipakai dipakai dalam buku-buku pelajaran bahasa Madura di seluruh Madura, namun tidak mendapat pengesahan dari pihak yang berwenang sebagai ejaan yang akan dibakukan. Ejaan ini rupa-rupanya bertaklid begitu saja pada "Ejaan Bahasa Indonesia Yang Disempurnakan".Idealnya, bahasa Madura diwakili huruf-huruf yang mendukung semua lafad Madura. Jangan sampai seperti mempelajari bahasa Inggris selain arti kata-kata, masih memikirkan apa dan bagaimana lafad sebuah kata yang tulisan dan bacaannya jauh berbeda. Tambahan symbol bunyi pada bahasa Madura sangat diperlukan, seperti halnya bahasa Perancis, demi tepatnya ucapan. Untuk itu, Ejaan Madura Tepat Ucap (EMTU) menyajikan beberapa “Lambang Bunyi” dan mengfungsikan fonem beraspirat yang berfungsi sebagai pembeda makna (fonemik). Ini merupakan bentuk-bentuk linguistic yang dapat dikatakan “unik” di dalam hal kebahasaan.
Kemudian pada tahun 2004 muncul Ejaan Bahasa Madura yang disempurnakan yang merupakan tindak lanjut hasil lokakarya Ejaan Bahasa Madura oleh Balai Bahasa Surabaya pada tahun 2002. Ejaan ini hampir sama dengan ejaan EMTU yang digagas pada tahun 1988. Dari hasil penyelarasan dalam lokakarya tersebut, disusun buku “Pedoman Umum Ejaan Bahasa Madura Yang Disempurnakan”.
Ejaan bahasa Madura tahun 2004 sudah disusun dengan pendekatan-pendekatan kaidah dan memperhatikan jati diri etnis Madura. Dalam sosialisasinya, ejaan ini meski masih mendapatkan pertentangan dari beberapa kelompok yang masih keberatan, namun telah mendapat tanggapan positif dari para praktisi dan pemerhati bahasa Madura dan bahan-bahan pelajaran SD/SLTP telah memakai ejaan bahasa Madura 2004 ini.